Целью деятельности ФГБУ "Управление "Спецмелиоводхоз" является создание необходимых условий для увеличения объемов производства высококачественной сельскохозяйственной продукции на основе восстановления и повышения плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения при выполнении комплекса агрохимических, гидромелиоративных, культуротехнических, агролесомелиоративных, водохозяйственных и организационных мероприятий, эксплуатации мелиоративных систем.